程序凍干倉的凍干技術基本原理是把重組蛋白溶液先在低溫環境下凍結，再在真空條件下干燥，形成重組蛋白固體制劑。其中干燥過程又可分為去除結晶水的初步干燥和去除結合水的二次干燥。但是由于凍干過程實質上是物質和能量的轉換過程，蛋白可能會出現一定程度的變性。